Ngụy đã bị chính quyền Trung quốc bắt và giam tù 15 năm do việc soạn thảo tài liệu "Hiện đại hóa thứ 5" kể trên.[1], tuy nhiên có một vài nguồn cho rằng ông bị bắt giam vì những nguyên nhân khác.

Ngày 17.2.1979 nổ ra cuộc chiến tranh biên giới Việt-Trung. Đặng Tiểu Bình hiểu rằng một cuộc chiến tranh quốc tế có thể có một tác động mạnh mẽ vào chính trị trong nước nếu Trung Quốc giành được chiến thắng trong chiến tranh.[2] Khi cuộc chiến tranh biên giới Việt-Trung đã được tiến hành, Ngụy và các nhà hoạt động chính trị khác đã bị bắt giữ. Ngụy bị buộc tội mưu toan bán các bí mật quân sự cho một phóng viên người Anh.[2] Tháng 11 năm 1979 Ngụy bị truyên án tù giam 15 năm.[2]

Ngụy đã ở tù cho tới ngày 14.9.1993 thì được thả ra, chỉ một tuần lễ trước khi có cuộc bỏ phiếu của Ủy ban Olympic Quốc tế về việc chọn Bắc Kinh hay Sydney làm thành phố chủ nhà tổ chức Thế vận hội Mùa hè năm 2000.

Ngụy sớm trở thành nhà hoạt động chính trị sau khi được phóng thích, và các quan chức Trung Quốc liên tục cảnh cáo ông rằng các hoạt động chính trị của ông đã vi phạm thỏa thuận tạm tha, và ông có thể bị bắt lại.[7]

Ngày 27.2.1994, Ngụy gặp John H. Shattuck trợ lý Bộ trưởng Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ phụ trách vấn đề Nhân quyền để bàn về tình trạng nhân quyền ở Trung quốc. Ngụy đã bị bắt trong tuần lễ sau đó cùng với 15 nhà hoạt động dân chủ và lao động khác.[8] Mặc dù được thả ngay sau đó và bị đưa đi sống lưu vong ở Thiên Tân, nhưng Ngụy đã bị bắt lại lần nữa vào ngày 01.4.1994 khi ông tìm cách trở về Bắc Kinh.

Bị buộc tội âm mưu chống lại nhà nước, ông đã bị kết án 14 năm tù giam, nhưng ông chỉ ở tù cho đến ngày 16.11.1997, thì được phóng thích vì "lý do sức khỏe" và ngay lập tức bị trục xuất sang Hoa Kỳ.[8] Ông được cho sang Hoa Kỳ do áp lực quốc tế, nhất là do yêu cầu của tổng thống Hoa Kỳ Bill Clinton thời đó.[1]

Tháng 3 năm 2008, ông đã kêu gọi Jacques Rogge, chủ tịch Ủy ban Olympic Quốc tế, hãy làm áp lực yêu cầu nhà cầm quyền Bắc Kinh tôn trọng nhân quyền người dân ở Tây Tạng[9] · [10].